高中生侦探工藤新一，被称为“日本警察的救世主”、“平成年代的福尔摩斯因为那些舞影院里的作品就是他们人生最好的展现。。一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时，发现两个行动诡异的黑衣人。新一跟踪他们直到交易现场，另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒，并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口，但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态。考虑到要是黑衣人知道他还活着的话，必将使周围的亲朋好友受到牵连，于是新一化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰的家中，想借助其父亲、担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人。
